La farine dite « bio » est obtenue en écrasant des céréales traditionnelles comme le blé ou d’autres, telles que l’orge, le maïs, etc., qui sont cultivées selon les principes d'une agriculture biologique. Pour être vendue comme telle, elle doit être certifiée. La céréale aussi, pour être bio, doit obtenir les certificats d'organismes de contrôle qui vérifient si l’entreprise agricole qui l’a produite répond à certains critères.

Chaque année, des contrôles sont effectués afin de vérifier le respect des conditions exigées par le certificat. La céréale destinée à la production de farine biologique est cultivée sans produits chimiques de synthèse (fongicides, désherbants, engrais chimiques, pesticides et antiparasitaires). Elle ne peut être dérivée d'éléments OGM.

La mouture du blé biologique s’effectue par cylindres ou par meule de pierre.